螺杆式冷水机运行中应注意观察吸排气压力、吸排气温度、油温和油压，并定时记录。要求仪表是的。运转过程中由于某项保护动作自动停车，要查明故障原因方可开机。允许通过改变它们的设定值或屏蔽故障的方法再次开机。
螺杆式冷水机突然停电造成主机停机时，由于旁通电磁阀B不能开启，压缩机可能出现倒转现象，这时应迅速关闭吸气截止阀，减轻倒转。如果在气温较低的季节长期停机，应将系统中的水放净，避免冻坏设备。
螺杆式冷水机如果在气温低的季节开机，先开启油泵，按电机旋转方向盘动联轴器，使油在压缩机内循环，充分润滑，这个过程要在手动开机方式下进行；如果是氟利昂制冷剂，开机前要先开油加热器加热润滑油，油温要在25℃以上。
螺杆式冷水机组长期停机，应每隔10天左右开启一次油泵，压缩机内各部位都有润滑油，每次油泵开动10分钟即可；每2~3个月开动一次压缩机，每次1小时，运动部件不会粘在一起。每次开机前，盘动压缩机几圈，检查压缩机有无卡阻情况，并使润滑油均匀分布各部位。
螺杆式冷水机电动机轴承故障解决解决方案：电机运行时，可用一把螺丝刀，抵在轴承外盖上，耳朵贴近螺丝刀木柄轴承的响声。如滚动体在内外圈中有隐约的滚动声，且声音单调而均匀，使人感到轻松，则说明轴承良好，电机运行正常。如听到异常响声，则应分析原因并进行处理。
听到明显的滚动体滚动和振动声，说明轴承间隙过大或严重磨损，需更换；滚动体声音发哑，声调沉重，说明轴承润滑油脂太脏，有杂质侵入，需用煤油清洗轴承并更换新的润滑油。滚动体有不规律的撞击声，说明轴承有个别滚动体破裂，需更换。近似口哨的叫声，夹杂着滚动体的滚动声，说明轴承缺少润滑油脂或润滑油选择不当，需补加清洁的润滑油或更换合适的润滑油。异响原因：主机故障。主机里进入异物，使阴阳螺杆出现卡点碰撞产生啸叫声；阴阳螺杆与轴承端面间隙过大；主机轴承损坏。
