种子的大小形状，颜色因种类不同而异。椰子的种子很大，油菜、芝麻的种子较小，而烟草、马齿苋、兰科植物的种子则更小。
蚕豆、菜豆为肾脏形，豌豆、龙眼为圆球状；花生为椭圆形；瓜类的种子多为扁圆形。颜色以褐色和黑色较多，但也有其他颜色，例如豆类种子就有黑、红、绿、黄、白等色。
菜种发芽率与保存年限关系很大，菜种不同，其保存年限也不一样。
1、番茄籽的存放期zui长不要超过4年，否则会降低发芽率。鉴别新旧菜籽方法：新籽上有很多小茸毛，而且有番茄味；旧籽外皮茸毛少或脱落，气味也小。
2、黄瓜籽zui多能存放三年，超过此项限其发芽率将大幅降低，即使有的能出苗，也不易成活。
3、茄籽存放时间可稍长，一般在6年以内的种子都可用。新籽外皮有光泽，但光泽会随存入期延长而变淡。
4、辣椒籽存放不能超过3年，否则发芽率会降低。呈金黄色为新籽，呈杏黄色为陈籽。
5、芹菜籽可存放三年，当年结籽不能用，必须存1年后才能用。
6、韭菜籽必须用当年新籽，若隔年则出苗率大降低，即使出了苗也易枯萎。
7、白菜籽可存放2年。当年收获种子可当年播种，但保存期超过2年，出苗率一般要降低20-27%，且抗病力变低。
