建设成本高、规模大、专业性要求高、资产*性强
由于农产品在生产加工、包装运输、储存销售等物流环节均需专门的冷冻设施和设备，且冷链物流在设计与建设上复杂程度过高，从而导致冷链物流系统的建设成本高、投资的回报期长，甚至造成沉没成本。
对网络信息技术有一定要求
由于生鲜农产品的特性及冷链物流自身的较高要求，冷链物流必须借助互联网信息技术对农产品的整个生产流通过程进行多方位的监测跟踪，才能降低产品损耗以保证其自身体系的高精益性和敏捷性。
各环节具有更高的组织协调性
由于农产品冷链物流的多个环节主体功能各不同，且农产品要求更高的时效性，因而冷链物流各环节必须保障更高的组织协调性。
能耗控制要求程度高
冷链物流各环节都必须严格保障规定的低温环境，故冷链物流是高能耗产业，所以冷链物流在建设过程中需要*技术降低能源损耗和企业成本。
风险高
不同于常温物流体系，冷链物流的生产、加工和消费市场分布不集中，使其受市场供需及价格、气候、交通、能源等客观因素影响较大，因而造成冷链物流投资风险高，效益不稳定。
