目前国内对虾种业仍面临许多难题，如种业链尚存漏洞、引种引进了新病原、做种和苗的难度大、品种品系多、国内种虾生产能力弱等。
中国渔业协会会长赵兴武也表示，我国对虾产业发展，并非一帆风顺。以白对虾为例，正面临着种苗退化、加工精深差、天灾病害多等问题。
对虾发展，苗种优先。赵兴武建议，要把种苗生产作为产业发展的要务，只有在种虾上占领了制高点，才能掌握产业发展的主动权。比如在白对虾种业发展与体系创建上，应下大力量抓好白对虾良种场和种苗基地建设，培育新品种，推进提纯复壮工作，下决心淘汰落后品种，想方设法引进新品种，大力实施白对虾种业工程，支持科研人员投身种业发展。由于养虾大的威胁是病害，还要加大对病害防治的研发力度。
王雷表示，行业未来如何发展，需要的是技术提升、模式创新和理念转变。其中苗种是成功的基础，选苗要有原则，标粗应上升到重要高度，要重视选人、选场。还要加强养殖模式优化，工厂化养殖是未来主流方向，用大水面生态养殖减轻环保压力。厄瓜多尔养虾产量*五，是公认的大虾的代名词，巨大的池塘、简单的设施和投入品、严控规模的低密度养殖，实现了多年稳步、持续发展。
令人欣喜的是，国内对虾种业取得了许多新进展，如基因组测序取得突破；分子育种技术、家系育种技术、凡纳滨对虾种质参数研究取得重要进展；全封闭双循环种虾养殖技术、严格水处理技术、生态育苗技术等良种良法上已建立了相关关键技术。
